Srečno 2022

Blog je res praktično ugasnil, a bloger je še živ in vam želi zdravo in (znova) prijazno novo leto 2022.

Srečno 2019!

Vsem bralcem želim prijetne praznike in srečno novo leto 2019 vaš bloger Franc.

Srečno 2018

Vsem bralcem,

vam želi vaš bloger Franc

Jezikovna razprava

Spoštovani bralci,
najbrž ste tudi že sami kdaj srečali težave pri dopisovanju preko elektronske pošte, zlasti ko se poveča število sodelujočih in ko se razprava vleče skozi daljši čas. Izrazito je prizadeta preglednost. Če so vključeni še tekstovni ali slikovni dodatki postane stvar sploh težko obvladljiva. Prav zato se mi zdi, da je spletno dopisovanje, kadar se to raztegne skozi več dni, bolje prenesti v kakšen forum ali na blog. Praz zato sem že pred časom za delo mikrobiološke terminološke komisije pripravil tale blog, ki pa je po prvih obetavnih korakih kasneje zamrl v delovanju. Spletno komuniciranje pač temelji na “sodelovanju” in nikakor na monologih. Morda pa lahko naš blog vendarle obudimo k življenju na primeru, ki sem nanj pravkar naletel:

 

Predsednica mikrobiološke terminološke komisije dr. Darja Keše je članom komisija pravkar poslala sledeče pisanje:

13. 04. 2017
“Prepošiljam vam v razmislek in v sprejem stališča glede razlage pojma “izražanje proteinov”/izražanje genov.
Ali bomo ta izraz vključili tudi v mikrobiološki slovar? Osebno menim, da morajo o tem pojmu dati končno odločitev društvo genetikov oz. SBD.”

 

Pisanje  je vezano na predlog članice dr. Marjance Starčič Erjavec (predsednica študijske komisije mikrobiologije) članici terminološke komisije SBD dr. Mariji Žakelj Mavrič , prav tako z datumom 13. 04. 2017:

“Subject: RE: Izražanje proteinov?
Spoštovani!
Ja, bi pa res prosila, da tole na terminološki še enkrat obravnavamo, ker smo na študijsko komisijo mikrobiologije dobili vprašanje, zakaj ne dovoljujemo uporabe termina “izražanje proteinov” v mikrobioloških magistrskih nalogah.
Tole spodaj je pripet del dopisa Maše Vodovnik na študijsko komisijo mikrobiologije, ki naj obravnava pojem “izražanje proteinov” na naslednji seji in v priponki je pridano mnenje terminološke komisije SAZU, ki ga je tudi priskrbela Maša.
Izsek iz Mašinega dopisa:
Ponovno bi vas prosila še za uradno usklajeno pojasnilo glede neustreznosti izraza »izražanje proteinov«, saj žal ne najdem boljše, pomensko ustrezne, alternative.
Spodaj zato ponovno navajam nekaj argumentov, ki podpirajo uporabo tega izraza v znanstveni in študijski literaturi, izpostaviti pa bi tokrat želela predvsem pomensko plat.
V znanstveni literaturi se uporabljata tako izraz »gene expression«, kot tudi »protein expression«, običajno odvisno od nivoja spremljanja genskih produktov (gene expression običajno na ravni RNA, protein expression na ravni proteinov). Če torej pišemo o »izražnju genov za encim XY (v E. coli)« to asociira na študije izražanja genov XY na transkripcijski ravni (v izvornem mikroorganizmu) in ne na heterologno ekspresijo proteinov XY v tem gostitelju (o tem nazorno pričajo rezultati iskanja v iskalnikih znanstvene literature z gesloma »gene expression« ali »protein expression«). Naslov, ki bi bil spremenjen v skladu z vašim predlogom bi bil zato zavajajoč.
O pogostosti uporabe izraza »protein expression« v znanstveni literaturi priča več kot 200.000 zadetkov v podatkovni bazi ScienceDirect, med katerimi so tudi objave v elitnih revijah, kot je Science, npr: http://www.nature.com/nmeth/journal/v13/n3/full/nmeth.3727.html). Ta izraz se uporablja tudi v imenih revij: https://www.journals.elsevier.com/Protein‐
Expression‐and‐Purification.
Zasledila sem sicer, da terminološki slovar SBD predlaga izraz »proizvodnja proteinov« (torej prevod angleškega izraza »protein production«), ki pa ima industrijsko konotacijo in je tudi v literaturi običajno tudi povezano s postopki proizvodnje večjih količin proteinov, ki sledijo optimizaciji na laboratorijskem nivoju.
Tudi v slovenskem jeziku je izraz »izražanje proteinov« pogosto v uporabi, kar dokazujejo na spletu dostopni dokumenti na to temo, npr:
Slovenske magistrske naloge:
http://www.digitalna‐knjiznica.bf.uni‐lj.si/biotehnologija/du2_oresnik_maja.pdf
http://www.digitalna‐knjiznica.bf.uni‐lj.si/dn_sedlar_alenka.pdf
Projekti:
www.biotechnology‐gmo.gov.si/…/register_zap_sis_splet_01‐08‐2011_09‐23‐25.xls
Med drugim zasledimo izraz in celo v povezavi z definicijo tudi v farmacevtskem terminološkem slovarju.
V mikrobiološkem slovarju ni informacij v zvezi s tem.
Glede na zapisane argumente prosim, da se v naslovu magistrskih nalog Mojce Jamnik in Viktorja Zupančiča obdrži izraz »izražanje glikozid hidrolaz«, ker ustrezno pomensko opredeljuje, na kateri ravni bosta magistranda spremljala izražanje kloniranih genov v heterolognem gostitelju (raven proteinov).
Za strokovno opredelitev rabe izrazov »izražanje genov« in »izražanje proteinov« na študiju Mikrobiologija se vnaprej lepo zahvaljujem in vas lepo pozdravljam. Maša Vodovnik
Za obravnavno na terminološki komisiji SBD se že v naprej prav lepo zahvaljujem in vas lepo pozdravljam, Marjanca”

 

To je odgovor Sekcija za terminološke slovarje Inštituta za slovenski jezik Frana Ramovša ZRC SAZU na pisanje dr. M. Vodovnikove z dne 7. 4. 2017:

“TERMINOLOŠKI KANDIDAT: Izražanje proteinov
Vprašanje poslano: 5. 4. 2017
Datum odgovora: 7. 4. 2017
OPIS TERMINOLOŠKEGA PROBLEMA:
Mikrobiologi se ne moremo zediniti o pravilnem slovenskem terminu za angleški termin protein expression. Situacija je sledeča: termin protein expression (torej izražanje proteinov) je v tuji znanstveni literaturi zelo pogosto uporabljan (o tem priča več kot 200.000 člankov v podatkovni bazi ScienceDirect). Pri prevajanju v slovenščino pa prihaja do razhajanj v strokovni javnosti, saj nekateri trdijo, da termin izražanje proteinov ni ustrezen (naj bi bil žargonski), pravilen termin naj bi bil le izražanje genov. Težava, ki se pri tem pojavi, je, da se termin gene expression (torej izražanje genov) v tuji literaturi pojavlja v pomensko drugačnih formulacijah (kjer gre dejansko za sledenje stopnjo nižje, na ravni RNA). Prosim vas torej za mnenje o ustreznosti uporabe izraza »izražanje proteinov« v strokovni in študijski literaturi.
MNENJE SEKCIJE ZA TERMINOLOŠKE SLOVARJE:
Na vaše vprašanje terminologi žal ne moremo nedvoumno odgovoriti, saj gre za zadrego na ravni pojma, ne na ravni poimenovanja. To pomeni, da se morate strokovnjaki dogovoriti, ali gre za dva pojma ali ne. V angleščini imamo torej dva termina – protein expression in gene expression. V vprašanju pišete, da gene expression označuje »sledenje stopnjo nižje, na ravni RNA«, iz česar sklepamo, da v angleščini ne gre za en pojem. V tem primeru bi bilo seveda logično, da bi pri dveh različnih pojmih, ki ju v angleščini označujeta dva različna termina, imeli tudi dva slovenska termina, torej izražanje proteinov za protein expression in izražanje genov za gene expression. V strokovnih besedilih sicer najdemo pojavitve za oba termina, npr. izražanje proteinov v diplomski nalogi A. Sedlar Primerjava dveh brezceličnih sistemov za izražanje proteinov (2007) ali izražanje genov v doktorski nalogi R. Paškulina Farmakodinamika enteogenih drog – vpliv na izražanje genov (2012). Vendar pa je očitno, da se stroka ali del stroke ne strinja s tem, da gre za dva različna pojma. Problem
očitno ni vezan le na razumevanje pojma pri nas, saj tovrstna opozorila najdemo tudi v angleških besedilih, npr. v angleškem slovarju G. Kahla The Dictionary of Genomics, Transcriptomics and  Proteomics (založba Wiley-Blackwell, 2015, 5. izd.), kjer pri iztočnici protein expression (str. 1798) piše: »An infelicitous and misleading term for → gene expression. The terms »protein expression« and »protein expression profiling« should be avoided, because only genes can be expressed (into → messenger RNAs, which in turn are translated into proteins, the products of gene expression.)«. V Slovarju izbranih izrazov iz biokemije in molekularne biologije je pri iztočnici protein expression, ki ima ustreznik izražanje proteinov, v oklepaju naslednja opomba »(strokovni žargon; v resnici gre za izražanje genov, ne proteinov)«. S terminološkega vidika v tem primeru ne bi govorili o žargonu, saj se žargon nanaša zlasti na govorni prenosnik, natančneje na neformalno ali polformalno govorno sporazumevanje med strokovnjaki, v našem primeru pa se o izražanju proteinov tudi (ali predvsem) piše. Težava torej ni v tem, ali je poimenovanje izražanje proteinov žargonsko ali ne, ampak v tem, ali ustrezno označuje pojem, ki je v angleščini poimenovan protein expression. Z vidika jezikovnega sistema torej z izrazom izražanje proteinov ni nič narobe, težavo s samim pojmom pa lahko rešite le strokovnjaki sami. Če se odločite, da gre za dva različna pojma, obdržite obstoječa slovenska termina izražanje proteinov in izražanje genov. Če pa se odločite, da gre za en pojem, se lahko tudi dogovorite, da je slovenski ustreznik za oba angleška termina – gene expression in protein expression – izražanje genov, vendar pa opozarjamo, da bi bil glede na relativno ustaljenost termina izražanje
proteinov v tem primeru potreben širok konsenz v stroki, verjetno pa celo med več sorodnimi strokami (genetika, mikrobiologija, medicina itd.).”

 

Gornji dopis je torej nekaj pred tem dr. Starčič Erjavec poslala dr. Mariji Žakelj Mavrič (TK SBD) in ona ji 12. 04. 2017 odgovarja:

“Spostovani!
Zadnjic smo o “izrazanju proteinov” na nasi komisiji razpravljali takrat, ko smo pred leti pripravljali slovarcek. Jaz se z napisanim se vedno strinjam.
Sicer pa lahko, ce je potrebno, o problemu ponovno diskutiramo na naslednjem sestanku komisije naslednji teden.”

 

Morebitno obravnavo na SBD osvetljuje še pisanje med dr. R. Marinšek Logar z dr. Starčič Erjavčevevo, ki je slednjo vodila k pisanju dr. Mariji Žakelj Mavrič:

“Spoštovani!
podaj vam prepošiljam e-pošto Romane Marinšek Logar, ki je vodja študija mikrobiologije, v zvezi z uporabo termina “izražanje proteinov”. Zanima me uradno stališče terminološke komisije SBD,  v zvezi z uporabo termina “izražanje proteinov” v diplomskih/magistrkih/doktorskih nalogah, strokovnih in znanstvenih prispevkih. A še zmeraj velja, da je “izražanje proteinov” žargonski izraz, ki se ga naj ne bi uporabljalo v strokovnih in znanstvenih delih ter magistrskih/diplomskih/doktorskih nalogah?”

 

Pismo dr. Marinškove dr. Starčičevi 10. 04. 2017:

“Posredujem ti odgovor kolega Marka Dolinarja o uporabi termina”izražanje proteinov”, ki je bil med drugim moj sošolec na študiju Biologije in je sicer sodeloval tudi pri slovarju SBD.”

 

Pismo dr. Dolinarja dr. Marinškovi 06. 04. 2017:

“…, zdravo. S tem problemom smo se srečevali tudi pri nas  na študiju Biokemije in se pred dvemi leti dogovorili, da ne bomo  preganjali ‘izražanja proteinov’. Če je za angleško govoreči svet dopustno, tudi mi ne moremo tega preganjati. Če obstaja revija Protein Expression and Purification, potem v slovenščini nimamo kaj. Edino, česar ne dopuščam je npr. ‘protein se izraža v periplazmi’, saj se vendar izrazi v citoplazmi in se šele kasneje usmeri v periplazemski prostor. Podobno je seveda (še hujše) ‘protein se izrazi v gojišče’.”

 

 

Konkretno k zastavljenemu orehu se predvsem strinjam, da tega pojma ne bi uvrščali v Mikrobiološki slovar in bi počakali, kako ga bodo razrešili v TK SBD (zdi se mi, da je prav, da spoštujemo resorno pristojnost). Smiseln pa je pogovor o tem in tega lahko nadaljujemo na tem blogu. Način je dovolj  enostaven, na koncu tega zapisa kliknite “KOMENTARJI  Oddaj komentar” in vnesite svoje misli. Sploh bi želel, da mikrobiologi, ne zgolj člani terminološke komisije, svoje predloge, pomisleke, tudi kritike, sporočite (na email: franc.nekrep@gmail.com) pa jih bom vnesel v razpravo na tem blogu.

Lep pozdrav, vaš bloger F.V.N.
 

 

Srečno 2017

Bralcem želim v novem letu veliko dobrega.

Vse najboljše!

Vsem bralcem želim v novem letu 2016 veliko zdravja in osebnega zadovoljstva, vaš bloger Franc.

Nehoteni premor

Če me med (najbrž redkimi) bralci tega bloga kdo pogreša, naj povem, da bom še vsaj tri tedne odsoten. Sem se namreč preselil (Dom starejših, Notranje Gorice) in Telekom potrebuje vsaj tri tedne, da mi prenese moj internetni račun na novo lokacijo. Naj živi naša komunikacijska  ekspeditivnost! Se pa šele zdaj zavedam, kaj pomeni odvisnost, čeprav gre v tem primeru za spletno.

Sprotno spletno prevajanje

Ker vam danes revije že v spletni verziji članka ponudijo tudi možnost takojšnjega prevoda v druge jezike, to odpira seveda zanimiva vprašanja. V konkretnem izbranem primeru (gre za hišo Taylor&Francis) je uporabljen Googlov prevajalnik, ki ponuja res bogat izbor možnosti. Sicer se pa s to prakso že nekaj časa srečujemo tudi blogopisci, kjer bralcu npr. Blogger ponuja možnost izbire prevoda. Pri tem se človek seveda vpraša o korektnosti prevedenega teksta, kar je zlasti v znanosti pa seveda ne samo tam, lahko dodatno zagatno. Nehote sem se vprašal, ali ne bi pri svojem  tekstu, ki sem ga npr. objavil v angleščini preveril, kako uspešen je prevod mojega teksta v nekatere jezike, kjer pričakujem bralstvo. Podobno vprašanje, ki si ga je mogoče postaviti je, kako je npr. moj slovenski tekst v blogu preveden v druge jezike. Pri tem bi seveda v nadaljevanju lahko vprašal še ali sem brez vsakršnega vpliva na razumljivost svojega teksta. Pravzaprav ne čisto. Praktično bi bilo namreč mogoče s preverjanjem kvalitete prevoda in s spreminjanjem izvirnega teksta doseči v določenem ciljnem jeziku tudi večjo razumljivost prevedenega. Ali pa se bomo tega napornega dela lotili je drugo vprašanje?   

Srečno 2015!

Veliko uspehov vam želim v prihajajočem letu, a za doseganje tega cilja ne žrtvujte osebnega miru in zdravja.

Korektno taksonomsko zapisovanje

Pred dnevi se mi je oglasil bivši študent, zdaj spoštovani kolega, z zanimivim pisanjem. Naj ga v nekoliko skrajšani obliki objavim, da bomo lahko na tem primeru morda pričeli zanimivo razpravo:

Pozdravljeni xxx,

… prebiram Zbornik 20. obletnice mikrobiologije in sem med drugim naletel tudi na fenomen, ko se H. influenzae navaja kot "Hemofilus influence".

Zagotovo napaka – ali pač? Na spletu na tej strani http://www.bolezen.si/ostale-zdravstvene-teme/mikroorganizmi/1377-hemofilus-influence najdemo tudi takšno poimenovanje.

Obstaja morda kak dogovor, da se bakterijska imena piše fonetično? Poznamo sicer šigele in ešerihije, vendar – tudi v primeru, če pišemo rodovno in vrstno ime (to bi pomenilo Ešerihijo koli)? Če je to sprejemljivo, priznam, da prvič slišim.

Lep pozdrav, xxx  …

Seveda sem se takoj odzval:

Spoštovani kolega xxx,

… takega dogovora, kolikor mi je znano ni! Uporabljeni način v omenjenem prispevku se mi zdi samovoljen. Opazil sem ga tudi pri drugih zapisih na tem portalu. V znanstvenem poimenovanju živega sveta uporabljamo dvočlensko poimenovanje (binarna nomenklatura), v kateri pa uporabljamo načela zapisa latinskega jezika, ob tem da ime rodu pišemo z veliko in ime vrste z majhno začetnico. Razen tega sta besedi zapisani v kurzivi. Če uporabljamo domač jezik potem uporabljamo trivijalna imena, ki so lahko eno, dvo ali veččlenska, vendar zlasti v mikrobiologiji (pa tudi ne v drugih bioloških vejah) ni navada, da bi kar slovenili originalni latinski binarni zapis. Po navadi slovenimo ime rodu in ga pišemo z malo začetnico: klostridij, ešerihija. Specifično vrstno ime pa bi v slovenščini zapisal npr. tako: borelija lajmske bolezni  ali b. lajmske borelioze za Borrelio burgdorferi, nikakor pa ne bi kombiniral pristopa, ko bi besede slovenil s fonetičnim zapisom znanstvenega imena, za zapis pa uporabil maniro znanstvene sistematike (velika začetnica za vrsto). …

Povezal sem se tudi s kolegi z ekspertizo v taksonomiji na Oddelku za biologijo BF UL  in dobil njihovo podporo za moje razmišljanje. Prav rad bi zato tole razpravo odprl v širše komentiranje. Morda ste pri svojem brskanju po literaturi še kje zasledili podobne neustrezne rešitve pri zapisovanju imen v biološki sistematiki.  Poiščimo jih. Neredko se dogaja, to ugotavljajo tudi kolegi iz biologije pa tudi sam se spomnim takih spodrsljajev (ta trenutek sicer ne znam ponuditi konkretnega primera), da najdemo  nepravilno zapisovanje tudi v javnih  medijih. Prav je, da se skušamo temu izogniti, pot je seveda preko seznanjanja s pravilnim zapisovanjem. Na slovenski wikipediji najdemo dovolj dobrih napotkov, tudi kar zadeva načela znanstvenega zapisovanja  bioloških imen.

O splošnih načelih Taksonomije:

http://sl.wikipedia.org/wiki/Taksonomija

O Sistematiki :

http://sl.wikipedia.org/wiki/Sistematika

O Znanstveni klasifikaciji živih bitij:

http://sl.wikipedia.org/wiki/Znanstvena_klasifikacija

O Taksonu:

http://sl.wikipedia.org/wiki/Takson

O Dvočlenskem poimenovanju:

http://sl.wikipedia.org/wiki/Dvočlensko_poimenovanje

O Tročlenskem poimenovanju:

http://sl.wikipedia.org/wiki/Tričlensko_poimenovanje

Obsežnejši koristen spletno dostopen zapis o biološkem poimenovanju je tudi ppt zapis prof. dr. F. Batiča, ki se sicer podrobneje posveča botanični klasifikaciji:

http://www.bf.uni-lj.si/fileadmin/groups/2711/Gradiva_Batic_Predavanja_Bolonja/Batic_P_B_ZO-UNI-Botanika-Taksonomija-zgodovina_in_uvodI-10-11.pdf

in ki bi morda potreboval samo nekatere drobne posodobitve v poimenovanju rangov razvrščanja v klasifikaciji ( npr. z vključitvijo domen).

Naj brskanje po wikipediji (pri čemer se mi boste upam pridružili) izkoristim tudi za povabilo kolegom, da bi obogatili material, ki nam ga ta enciklopedija ponuja. Posamezni zapisi imajo namreč kar precej povezav, ki se pa izkažejo kot “škrbine” in te kar kličejo po tem, da bi jih obogatili s primernimi teksti. To priložnosti bi lahko npr. izkoristili učitelji tako, da bi posamezne pojme obdelali s študenti npr. v seminarskih nalogah in bi jih nato objavili v wikipediji. Prav dobra priložnost za obogatitev vsebine in za osvojitev veščine ustvarjanja wikipedije.

Močno upam, da se boste oglasili s komentarji, saj bi nam kresanje mnenj  odprlo pot k izboljšanju  strokovnih zapisov v javnih medijih, k boljšemu delu s študenti in k bogatenju slovenskega strokovnega teksta po poti oblikovanja slovenskih ustreznic za latinska vrstna imena.